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It’s a pitty. Nearly every piece of software you can get free (as in beer) and open source and esspecially in science the idea of open and free software was always strong.
However, despite the huge success of public open-source projects (firefox, linux, libreoffice) there is still a good bioinformatic suite missing for scientist.
There are a very good commercial solutions (VectorNTI), which are very expensive and others which are less sophisticated but still expensive (Geneious, CLC Bio etc). A few attempts are respectively were made to make free solutions (ApE and pDRAW32) but they often lack the “suite”-approach and tackle only a few problems a scientist has to work with everyday. So having named all this software choices, some might ask “What the hell is he asking for?”.
Well in principle I’d like to have a simple, open and expandable swiss army knife for cloning, sequencing, annotating and managing of protein and DNA sequences. Perhaps on the basis of Bioclipse or perhaps based on it’s on framework. The suite would access its data from a database which might be locally or remote. It would draw plasmid maps and proteins sketches and synchronize selections with a sequence view. It would help cloning fragments from one vector into another, and it would keep track of its actions (probably even able to recreate them). It would compare sequencing data with the newly generated constructs and store them together. It would be easy to expand by plug-ins or extensions to do fancy analysis like phylogeny or PFAM searches. … and it would be all free and maintained by us – the scientific community.
Some well-informed fellows might now say “Wait! There is Gentle which ticks (nearly) all of you boxes!” and I only have to disagree slightly. Gentle is definitely very close to my dream, and as much as I appreciate Magnus work (he invested a lot of time) I have to say it’s unfortunately not very modular and it got a little bit cluttered with stuff which would be better in an extension or an external module. But sure it would make a great starting point.
So how could this dream become true? Well firstly of course I hope many people read this post, secondly a few might add their idea to the comments, and maybe at some time we get the critical mass to actually start such a project… hope springs eternal …
Another version of PyMol (1.3r1) has been released.
Unfortunately, with every new version the trouble of compiling it for windows is getting bigger and bigger… I do have teh feeling that this is -at least- knowingly accepted by the releasers.
However, after a couple of hours fiddling around with the installation routine, I was able to update my guide to the new version. Have fun and let me know, if it works for you!
Jan
Das Spiel CellCraft (erst vorgestern hier vorgestellt) gewinnt zunehmend an Bekanntheit.
Mittlerweile mehren sich die kritischen Stimmen einiger Biologen die hinter dem Spiele kreationistische Propaganda vermuten. Dies beruht vor allem darauf, dass die beiden wissenschaftlichen Berater Dr. Jed Macosko und Dr. David Dewitt offensive Verfechter des Kreationismus oder auch “Intelligent Designs” sind. Die Entwickler selbst widersprechen einer kreationistischen Färbung und glauben nach eigenen Angaben an die Evolution.
Als ich das Spiel das erste mal spielte und auch ein wenig auf die biologischen Fakten achtete sind mir viele teils radikale Vereinfachungen aufgefallen, die ich so nicht gemacht hätte. Trotzdem erschienen mir die Grundprinzipien nicht falsch und prinzipiell hat das Spiel einen guten Eindruck gemacht.
Nach dem Bekanntwerden der Vorwürfe habe ich mir nun das Spiel nochmals angeschaut. In der Tat ist auffällig das sämtlich Hinweise auf die Evolution fehlen. Sicher – es handelt sich um eine Spiel zur Zellbiologie und nicht zur Evolution – doch an einigen Stelle in der Enzyklopädie sind diese Auslassungen schon merkwürdig. Immerhin finden sich aber auch keine Hinweise auf “Intelligent Design”. Das das Spielprinzip selbst eine kreationisitische Weltenstehung propagiert, finde ich wenig stichhaltig. Genauso könnte man die synthetische Biologie (unter anderem zurzeit durch Craig Venter bekannt) als Vorbild für diese Spiel nehmen.
Insgesamt bleibt wohl festzuhalten, dass durch das Weglassen aller Hinweise auf die Evolution dieses Spiel durchaus kombatibel mit dem Kreationismus ist. Ein Propagandaspiel kann ich darin aber nicht erkennen. Auch deswegen nicht da dieses Spiel für den Einsatz in Schulen im Rahmen des Biologieunterrichtes gedacht ist … und im Zweifel wird der Lehrer mehr Einfluss haben als ein kurzes Computerspiel!
Immer mehr Konzepte versuchen biologisches Wissen spielerisch zu vermitteln.
Ein neuerer Versuch vor allem Teenagern Biologie -und hier im Speziellen Zellbiologie- näher zu bringen ist das kostenlose Spiel “Cell Craft“. In der recht originellen Geschichte, gespickt mit biologischen Fakten, kontrolliert der Spieler einen einfachen Einzeller. In ständig schwieriger werdenden Leveln müssen zunehmend biologische Abläufe in der Zelle koordiniert, neue Bestandteile der Zelle gebaut und Gefahren abgewehrt werden. Ganz nebenbei lernt man dabei wofür die einzelnen Bestandteile (fachlich Organellen) der Zelle gut sind und was sie leisten.
Natürlich kommt das Spiel nicht ohne dramatische Vereinfachungen aus. Ein bisschen kritisch finde ich das gnadenlose Vermischen von Zelleigenschaften der Tiere, Pflanzen und Bakterien. Im Spielverlauf selbst wird darauf nur selten hingewiesen, allerdings gibt es eine gute eingebaute Enzyklopädie, die die Organellen sowohl im Spielverlauf auch in der realen Welt beschreibt. Außerdem darf man nicht vergessen, dass das Spiel wohl eher als Lehrmaterial -also im Unterricht- verwendet werden soll und für sich alleine evtl. nicht alle Fragen beantworten kann.
Das Spiel ist zur Zeit nur auf englisch verfügbar. Auf meine Frage nach eine deutschen Version, hat man zwar interessiert reagiert aber noch keine echten Pläne.
Wer jetzt neugierig geworden ist, kann das Spiel gleich hier ausprobieren:
[CellCraft spielen]
Weitere Info:
Homepage
Blog
Facebook gruppe
Dieses Spiel wurde an der Wake Forest University erstellt und vom Digital Media and Learning Competition gefördert. Für die beteiligten Personen verweise ich auf die Credits im Spiel.
ACHTUNG: Bitte auch den Kommentar zu möglichen kreationistischen Inhalten lesen!
2nd Update:
A(nother) new version of PyMol needed a couple of updates to the method outlined below. The following method works as of 02.09.2010 with PyMol 1.3r1 (Revision 3911) and cygwin (1.7.7-1) . Please let me know if you have any trouble.
There are many program out on the market for visualising three dimensional structure: SwissPDB-Viewer, Rasmol and Jmol, just to name a few. They all have their advantages; however, in recent years PyMol seems to have established itself as the leading standard for the generation of high quality figures for publications.
PyMol is a user-sponsored open-source project originally created by Warren Lyford DeLano and continued after his early death by Schrödinger. Open-source means everyone can get the source code of the program to make his own version, user-sponsored means you have to pay if you want an executable (meaning: a running version). For Linux users it’s normally no a big problem to generate a running program from the sources, but on Windows systems this is mostly a hassle. The following guide will take you through every step needed to generate an up-to-date version of PyMol running on Windows.
Preliminary remark
- There is an old but executable version of PyMol freely available here.
- There are different ways to build PyMol on Windows. The way I describe it here is “quick-and-dirty”. You probably can do it with little knowledge about your PC; however, you don’t get a “real” Windows program and you can’t easily give the program to others. If you want to do it the “hard” way have a look here, but I wouldn’t recommend it if you are not an PC expert.
Compiling / Building PyMol
- Download and install Cygwin (http://www.cygwin.com/). In additional to the standard packages select the following packages during the installation routine [program (package titles)]:
- G++ (gcc-g++)
- Python (python, phyton-tkinter)
- openGL (openGL)
- PNG (libPNG12, libPNG12-devel)
- TCL/Tk libaries (tcltk)
- Download source codes for PyMol http://pymol.svn.sourceforge.net/viewvc/pymol/trunk.tar.gz?view=tar and extract it to c:\pymol
- Replace the setup.py in c:\pymol\ with the file in this archive.
- Start the “Cygwin bash shell” form the Windows start menu and change to the pymol directory by typing
cd c:/pymol
- Compile PyMol using following commands in the cygwin command line:
python setup.py build install
python setup2.py install
- Copy “pymol” to usr/bin or similar
cp pymol /usr/bin
- Download PMW (http://pmw.sourceforge.net/)
- Copy files to temporary directory (e.g. C:\temp\)
- Install PMW using
cd C:\temp\mw1.3.2\src\
pyhton setup.py install
- finished
You should now be able to start the program by typing .\pymol in the “Cygwin bash screen”.
Tip: To get a Windows shortcut to PyMol, generate a shortcut on your desktop (via right-click->New->Shortcut) and enter the following as target:
C:\cygwin\bin\run.exe "bash" "/usr/bin/pymol"
There are plenty of resources available for how to use PyMol. Here a few nice sites:
- The PyMol Wiki
- The “How to use PyMOL” presentation of Stephen Curry’s homepage
- The PyMol Tutorial of KB Wong
I’m looking forward to comments, suggestions and possible problems you have with this guide.
Known problems with this guide:
- Clipping with the mouse wheel does not work. SHIFT-Left-Click and moving the mouse does the clipping fine, however. Look here for a quick tutorial.
Finally, I’ll publish he first science related article in this blog. When I originally started this website I thought there would be much more science on it, as this is what I do for work and I really love it. However, in contrast to video tips, articles about science – regardless on what topic – do need much more effort and time and latter is very rare in the moment.
With the following entry I’ll start a series about scientific programs, which should help scientist in their daily life. There is vast majority of software out there and I’ll try to pick out the few I find most usefully… It won’t be only about the software itself, but also about useful tips around it… I hope, it will bes useful for you. If so, pleas let me know in the comments.
Jan
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