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Dreaming of a free VectorNTI alternative…

It’s a pitty. Nearly every piece of software you can get free (as in beer) and open source and esspecially in science the idea of open and free software was always strong.

However, despite the huge success of public open-source projects (firefox, linux, libreoffice) there is still a good bioinformatic suite missing for scientist.

There are a very good commercial solutions (VectorNTI), which are very expensive and others which are less sophisticated but still expensive (Geneious, CLC Bio etc).  A few attempts are respectively were made to make free solutions (ApE and pDRAW32) but they often lack the “suite”-approach and tackle only a few problems a scientist has to work with everyday. So having named all this software choices, some might ask “What the hell is he asking for?”.

Well in principle I’d like to have a simple, open and expandable swiss army knife for cloning, sequencing, annotating and managing of protein and DNA sequences. Perhaps on the basis of Bioclipse or perhaps based on it’s on framework. The suite would access its data from a database which might be locally or remote. It would draw plasmid maps and proteins sketches and synchronize selections with a sequence view. It would help cloning fragments from one vector into another, and it would keep track of its actions (probably even able to recreate them). It would compare sequencing data with the newly generated constructs and store them together. It would be easy to expand by plug-ins or extensions to do fancy analysis like phylogeny or PFAM searches. … and it would be all free and maintained by us – the scientific community.

Some well-informed fellows might now say “Wait! There is Gentle which ticks (nearly) all of you boxes!” and I only have to disagree slightly. Gentle is definitely very close to my dream, and as much as I appreciate Magnus work (he invested a lot of time) I have to say it’s unfortunately not very modular and it got a little bit cluttered with stuff which would be better in an extension or an external module. But sure it would make a great starting point.

So how could this dream become true? Well firstly of course I hope many people read this post, secondly a few might add their idea to the comments, and maybe at some time we get the critical mass to actually start such a project… hope springs eternal …

VideoTipp: The Deep von PES

Nach langer Zeit passiert hier endlich wieder was…

Dieses Mal gibt es einen wunderschönen Stop-Trick-Film zu sehen.  Eine Handlung gibt es nicht, dafür aber ein schöne Idee, die sehr kreativ umgesetzt wurde.

Viel Spass:

Weitere Info:

VideoTipp: Cliché von Cédric Villain (english video)

Hier kommt der nächste VideoTipp der kleine Animationsflime Cliché von Cédric Villain.

Leider ist er nur auf Englisch (oder auf französisch) ist aber auch mit wenigen Englischkenntnissen gut zu verstehen. Er beschreibt die Franzosen aus der Sicht alle anderen Nationen.
Ich habe viel gelacht über die vielen Vorurteile. Was würde ich für einen ähnlich selbst-ironischen Film über Deutschland geben. Falls jemand entsprechende Links hat bitte in den Kommentaren posten.

Viel Spass:

Mehr info:
Homepage von Cliché
Homepage von Cédric Villain

VideoTipp: Little Big Berlin von pilpop

Im Mai hatte ich ja bereits ein Tilt-Shift-Technik Video (Bathtube IV) von Keith Loutit vorgestellt. Wenn man ein wenig im Netz sucht findet man eine Menge weitere -mal gut mal schlecht gemachte-Videos in der gleichen Art.

Eines der gut Gemachten ist meiner Meinung nach Little Big Berlin von pilpop.

Auch wenn es technisch nicht an Bathtube IV von Keith Loutit herankommt besticht es doch durch seine Erzählweise.  Der Film ist gut geschnitten und lustig vertont, also auf alle Fälle mit Ton genießen!

Viel Spaß beim schauen:

Mehr Info:
pilopos Vimeo Kanal

Updated PyMol installation guide

Another version of PyMol (1.3r1) has been released.

Unfortunately, with every new version the trouble of compiling it for windows is getting bigger and bigger… I do have teh feeling that this is -at least- knowingly accepted by the releasers.

However, after a couple of hours fiddling around with the installation routine, I was able to update my guide to the new version. Have fun and let me know, if it works for you!

Jan

TrackBack Test

Dieser Beitrag wurde nur zum Test erstellt— Bitte entschuldigt die Unannehmlichkeiten, falls Ihr meine Seite per RSS-Feed beobachtet…

Jan

Initiative zur Netzneutralität

Netzneutralität ist ein Begriff mit dem sich nur weniger Nutzer auseinandersetzten, der uns aber doch alle betrifft! Prinzipiell bedeutet Netzneutralität, dass jedes Paket im Internet gleich behandelt wird. Soweit so gut, aber was bedeutet das?

Der Postvergleich: Der Upload, der Carrier und der Download – oder – der Briefkasten, die Kuriere und das Postfach

Man kann sich das in etwa so vorstellen:
Wenn man ein Internetseite aufruft – also zum Beispiel diesen kleinen Blog- dann verpackt der Computer (Server genannt) diesen Artikel in viele kleine Datenpäckchen, adressiert diese an den Nutzer und übergibt sie an das nächstgrößere Netzwerk, auch Uplink genannt. Zieht man einen Vergleich mit der regulären Post, würde dieser Artikel also in kleine Teile zerschnipselt, einzeln kuvertiert und die vielen Briefe zum Briefkasten (Uplink) getragen werde.

Danach laufen die Pakete (Briefe) über verschiedene Strecken zum Internetanbieter des Lesers, der dann über seine (meist) DSL Verbindung diese Datenpakete herunterlädt. Im Post-Beispiel würden also viele verschiedene Fahrer die Briefe einzeln (teilweise mit langwierige Umwege) an das Postfach des Lesers im örtlich Postamt transportieren. Dieser muss dann noch im Postamt seine Briefe abholen und zu Hause die Schnipsel wieder zusammenfügen… In der Realität nimmt der Browser, also Firefox oder Opera,  einem diese Fleißarbeit ab.

Das gut an dem Postbeispiel, ist das man -wie in der Realität- drei Phasen ausmachen kann:  Den Upload (das Einwerfen in den Briefkasten), den Carrier (die vielen Kurierfahrer) und den Download (das abholen aus dem Postfach). Für den ersten Teil bezahlt der Webmaster und bestimmt darüber auch wie schnell (oder wie oft) “jemand zum Briefkasten geht“, den Download bezahlt der Leser in dem er unterschiedlich viel Geld für seine Bandbreiten an seinen Internetanbieter bezahlt. Von beiden Beträgen werden nun auch die Kurierfahrer (Carrier) für ihre Mühen entlohnt.

Sobald die Briefe also auf dem Weg sind, gibt es quasi keine Unterschiede mehr.

Dieser -nur auf den ersten Blick- komplizierte Vorgang (Upload->Carrier->Download) läuft bei jeglicher Kommunikation im Internet ab, also ganz egal ob man Webseiten liest, E-Mails abfragt, Videos anschaut oder über’s Internet telefoniert. Es ist immer der gleich dreistufige Ablauf.

Die Netzneutralität versteckt sich nun hauptsächlich im mittleren Bereich dem Carrier-Dienst.
Bei der Post, geht man davon aus, dass jeder Brief den man in den Briefkasten eingeworfen hat, gleich schnell transportiert wird und es keine Unterschiede gibt ob der Brief von der Oma oder der Deutschen Bank verschickt wird. So ist es zurzeit auch im Internet; der Carrier behandelt jedes Datenpaket gleich unabhängig vom Inhalt, er verhält sich also neutral gegenüber dem Inhalt und dem Absende. Zu gut deutsch werden Pakete die Zeitungsartikel enthalten genauso schnell transportiert, wie Google Suchergebnisse oder die privaten Bilder vom süßen Sohn der besten Freunde… Sobald die Briefe also auf dem Weg sind, gibt es quasi keine Unterschiede mehr.

Die großen Carrier (Verizon in der USA 1 oder auch die deutsche Telekom 2) würden das nun gerne ändern! Konkret würden die Netzanbieter sich gerne den bevorzugten Transport von bestimmten Datenpaketen von den großen Internetfirmen bezahlen lassen.
Das würde zum Beispiel ermöglichen, dass Googles Videoportal Youtube verzögerungsfrei startet, während das auf die eigene Homepage gestellt Hochzeitsvideo erst ein paar Sekunden laden muss, alleine deswegen weil z.B. Google ein paar Millionen aus seiner Portokasse an z.B. die Telekom für den bevorzugten Transport in deren Netzen bezahlt hat…
Oder E-Mails mit GMX sofort ankommen, solche über web.de aber erst verzögert …
Oder Bild-Artikel schneller ausgeliefert werden als solche der ZEIT
Oder Internettelefonie über Skype gut funktioniert solche über Sipgate aber nicht …
Oder… Oder… Oder…

Die Liste der Effekte auf die Nutzer und die Anbieter von Inhalten im Internet ist schier endlos.

Vordergründig geht es um ein effizientere Nutzung der der Ressourcen, damit auch in Zukunft das Netz trotz steigender Beliebtheit noch zügig funktioniert. Das zügig würde dann wohl aber nur noch für die bezahlenden Webinhalte gelten! Mit größerer Wahrscheinlichkeit geht es also eher um höhere Gewinne als um ein “effizienteres Internet”.

Nicht zu vernachlässigen ist der Sachverhalt, das für diese bevorzugte Behandlung erst neue Strukturen bei den Carrier geschaffen werden müssen, die diese Sortierung möglich machen… Leider können diese Strukturen dann für sämtlich Filterung genutzt werden, quasi eine Infrastruktur für Zensur… sicher davon sind wir noch entfernt, aber warum es erst soweit kommen lassen?

Die Nutzer haben gar nichts davon
Was haben wir – die Nutzer – und wir -die Anbieter- von der Aufgabe der Netzneutralität? Gar nichts! Im Zweifelsfall werden einige reiche und/oder kostenpflichtigen Angebote bevorzugt transportiert, während kostenfreie Angebote benachteiligt werden. Nur zur Erinnerung: Freiwillige Projekte wie zum Beispiel die frei Enzyklopädie Wikipedia oder der kostenlose Browser Firefox, würden sich eine Bevorzugung ihrer Inhalte sicherlich nicht leisten können.

Unterzeichne auf Pro-Netzneutralität!

Aus diesem Grund unterstütze ich die Forderung der gesetzliche Verankerung der Netzneutralität der Initiative  ”Pro Netzneutralität” und hoffe mit diesem Artikel möglichst viele weitere Unterstützer gefunden zu haben!

Weiterführende Links:

CellCraft: “Intelligent Design” durch die Hintertür?

Das Spiel CellCraft (erst vorgestern hier vorgestellt) gewinnt zunehmend an Bekanntheit.

Mittlerweile mehren sich die kritischen Stimmen einiger Biologen die hinter dem Spiele kreationistische Propaganda vermuten. Dies beruht vor allem darauf, dass die beiden wissenschaftlichen Berater Dr. Jed Macosko und Dr. David Dewitt offensive Verfechter des Kreationismus oder auch “Intelligent Designs” sind. Die Entwickler selbst widersprechen einer kreationistischen Färbung und glauben nach eigenen Angaben an die Evolution.

Als ich das Spiel das erste mal spielte und auch ein wenig auf die biologischen Fakten achtete sind mir viele teils radikale Vereinfachungen aufgefallen, die ich so nicht gemacht hätte. Trotzdem erschienen mir die Grundprinzipien nicht falsch und prinzipiell hat das Spiel einen guten Eindruck gemacht.

Nach dem Bekanntwerden der Vorwürfe habe ich mir nun das Spiel nochmals angeschaut. In der Tat ist auffällig das sämtlich Hinweise auf die Evolution fehlen. Sicher – es handelt sich um eine Spiel zur Zellbiologie und nicht zur Evolution – doch an einigen Stelle in der Enzyklopädie sind diese Auslassungen schon merkwürdig. Immerhin finden sich aber auch keine Hinweise auf “Intelligent Design”. Das das Spielprinzip selbst eine kreationisitische Weltenstehung propagiert, finde ich wenig stichhaltig. Genauso könnte man die synthetische Biologie (unter anderem zurzeit durch Craig Venter bekannt) als Vorbild für diese Spiel nehmen.

Insgesamt bleibt wohl festzuhalten, dass durch das Weglassen aller Hinweise auf die Evolution dieses Spiel durchaus kombatibel mit dem Kreationismus ist. Ein Propagandaspiel kann ich darin aber nicht erkennen. Auch deswegen nicht da dieses Spiel für den Einsatz in Schulen im Rahmen des Biologieunterrichtes gedacht ist … und im Zweifel wird der Lehrer mehr Einfluss haben als ein kurzes Computerspiel!

CellCraft: Die “Zelle” spielerisch erlernen

Immer mehr Konzepte versuchen biologisches Wissen spielerisch zu vermitteln.

Ein neuerer Versuch vor allem Teenagern Biologie -und hier im Speziellen Zellbiologie- näher zu bringen ist das kostenlose Spiel “Cell Craft“. In der recht originellen Geschichte, gespickt mit biologischen Fakten, kontrolliert der Spieler einen einfachen Einzeller. In ständig schwieriger werdenden Leveln müssen zunehmend biologische Abläufe in der Zelle koordiniert, neue Bestandteile der Zelle gebaut und Gefahren abgewehrt werden. Ganz nebenbei lernt man dabei wofür die einzelnen Bestandteile (fachlich Organellen) der Zelle gut sind und was sie leisten.

Natürlich kommt das Spiel nicht ohne dramatische Vereinfachungen aus. Ein bisschen kritisch finde ich das gnadenlose Vermischen von Zelleigenschaften der Tiere, Pflanzen und Bakterien. Im Spielverlauf selbst wird darauf nur selten hingewiesen, allerdings gibt es eine gute eingebaute Enzyklopädie, die die Organellen sowohl im Spielverlauf auch in der realen Welt beschreibt. Außerdem darf man nicht vergessen, dass das Spiel wohl eher als Lehrmaterial -also im Unterricht- verwendet werden soll und für sich alleine evtl. nicht alle Fragen beantworten kann.

Das Spiel ist zur Zeit nur auf englisch verfügbar. Auf meine Frage nach eine deutschen Version, hat man zwar interessiert reagiert aber noch keine echten Pläne.

Wer jetzt neugierig geworden ist, kann das Spiel gleich hier ausprobieren:

[CellCraft spielen]

Weitere Info:
Homepage
Blog
Facebook gruppe

Dieses Spiel wurde an der Wake Forest University erstellt und vom Digital Media and Learning Competition gefördert. Für die beteiligten Personen verweise ich auf die Credits im Spiel.

ACHTUNG: Bitte auch den  Kommentar zu möglichen kreationistischen Inhalten lesen!

Geschützt: Spagehtti, Joghurt und laufen, laufen, laufen!

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